目前为止，《幻想学园》的主线出现三次与水晶相关的剧情，每当水晶的力量被触动的时候，，时空交错，不可思议的事情一幕幕地上演！
游戏中第一颗神奇水晶的出现是在亚马逊丛林的波利斯遗迹里面，几乎每个触摸此水晶的人，都会变得失去……
遗迹外的调查员格列特最近一直守在神坛入口。他的伙伴勇士哈米尼自从上次进入遗迹以后就没有出来。你进入遗迹，帮忙寻找哈米尼。
可是，当你发现哈米尼的时候，他显得异常狂暴，费劲力气他之后，他似乎恢复了，并告诉你上次他来到遗迹中心时看到水晶后就失去了记忆。他发现你似乎对水晶的迷幻能量具有抵抗力，所以请你帮忙调查一下放置水晶的基座，看看究竟是什么原因导致水晶使每个人都变得失去。
你走近水晶的基座发现水晶被一种奇特的能量着，导致你无法伸手触碰到它。基座上刻着四行古文字：苍龙之印、朱雀之石、玄武之柱、白虎。也许这是某种暗示，应该是需要先激活四个机关，才能够解除能量罩对水晶的，应该先从第一句苍龙之印开始。
接任务描述：从水晶基座的刻字上发现暗示机关的文字，提示你要去寻找苍龙之印，墙壁上的人形改成NPC机关。
NPC【苍龙之印】：在古老的人形图纹下方，有一个标有类似龙的生物图样的石钮，似乎是可以按下去的。
按下石块的瞬间，你面前突然出现像是来自另一时空的幻影。这些灵魂像是守护着这个地方，不容许有人改变它的现状。看来不打败它们是没法按动石钮了。
NPC:【朱雀之石】：在墙面的图腾中心，有一个标有类似鸟的生物图样的石钮，似乎是可以按下去的。
查询描述：解除了三个机关以后，房间里的温度骤然冷了许多。只剩下最后一个白虎还没有解除。根据字面的意义，看起来这个机关应该就在房间的中部。很有可能就是放置水晶的基座。
随着一声刺耳的轰鸣，你看到水晶的能量罩解除了。在你取下水晶的一瞬间，你背包里的古籍突然绽放出刺眼的。一个神奇的声音在你脑海中响起来：“负有神的之人，在太阳升起的地方将创造历史之人推上王座……在遥远的时空中，一切都从你身边的者开始……”当你还来不及明白是怎么一回事，古籍已经像具有了生命般出巨大的能量。一阵眩晕中，你被拉入一个漆黑的隧道，仿佛漂流了数千年之久，却分明只是呼吸间……