有些觉得多组学分析研究和实际应用存在一些矛盾点，前者更多在实验室中完成工作，进行理论性工作，如分析数据、优化方案等。实际上，学科和应用有着密不可分的关系，就拿多组学分析来说，它主要会用到质谱分析技术、色谱分析技术等，这些在临床上也有很多应用。现在，临床上的检验能力已经离不开质谱技术的支持。当然，它们之间的联系不只是仪器相同，还有其它方面的方面。例如，组学研究为临床提供理论基础，后者验证前者。现在多组学分析已经在实践中有很多的应用，临床上更是有非常多的涉及。
临床上用质谱仪分析人或动物体内药物成分的变化，包括它在身体各部分的游走以及代谢。代谢组学就是研究代谢产物的科学，赛默飞为用户提供的质谱平台在药物药效分析方面用处很大。在发病不用阶段对身体代谢情况进行分析会得到不同的数据结果，这样可以得到相对全面的实验数据，有利于得到完整的分析结论。不管是临床分析还是理论研究都可以使用质谱仪作为基础仪器。
有能力进行代谢组学研究的仪器一定得有超强的灵敏度，在各个代谢阶段中都能表现得非常优秀，这样才能不放过任何细小的变化。研究中可以发现各种异常现象，为自己的结论充实更多内容。除了研究表征现象，人们还可以将基因检测实验综合在一起，利用基因影响机体结构的理论来找到基因与疾病之间的关系，促进治疗方案的优化，提高医疗行业的发展，不要小视理论工作的重要性，在此积累丰富经验后，就能在实践工作中大展拳脚，药物学、医学等都会有非常好的发展。