在分析色谱仪作用原理之前，大家应该清楚它名字的来源。起初人们利用色谱分离法分离出各种颜色的植物色素，它们各自组分不同、理化性质也不一样，后来人们将利用溶剂洗脱固定样品分离物质的方法叫做色谱法，而发展到现在人们可以直接利用色谱仪实现高效分离。不同类色谱仪的应用原理类似，各自又有其特殊之处。
气相色谱分析仪的原理特殊之处在于它的流动相是气体，汽化后的样品可以在载气的带动下流经色谱柱实现分离。组分复杂的物质在汽化状态下很容易分离出来。如果是遇热容易分解的物质就不适合用这类方法。由于气体的流动性较强，所以这类检测仪器的反应速度较快，检测时间明显短于其它仪器。如果需要对大批量样品进行分析则可以选择气相色谱仪。如果待测物质不容易汽化，则在样品预处理阶段需要加高温裂解程序，这样它的应用范围就可以扩大到非气体和不易汽化的物质。
高效液相色谱仪在色谱分离技术上比普通液相色谱仪更先进、更高效。它的动力动力来源是洗脱溶剂。在整个实验过程中溶剂的供应不能断，所以比较消耗溶剂。人们经常使用水和其它有机溶剂的合理配比进行实验，通过调节它们的比例可以调节洗脱效果。用乙腈的情况也不少，这类化学试剂容易破坏环境，所以使用中要注意防止泄露、做好收集工作，以及通过优化实验方案来减少此类溶剂的使用。现在的色谱分离技术不再是起初的分离植物色素的技术了，它的应用范围不断扩大，几乎可以分析所有常见的化合物。主要注意的是，人们通常使用色谱仪分析已知物质种类，如果是完全未知的混合物用这种方法分离比较困难。